La autonomía en el proceso innovador del Proyecto Educativo que otorga al Colegio Divina Misericordia es la nueva metodología de enseñanza y las acciones dirigidas a la formación del alumno, se desarrollan directamente en el campo donde el alumno desempeñará sus funciones al egresar, en las acciones de proyección y servicio del Colegio hacia la Comunidad y el IDEARIO que impregna la organización de la Institución.

El ejercicio de las distintas funciones directivas, docentes y administrativas, colmadas de espíritu evangélico, resaltan la autonomía institucional como un servicio a la comunidad y es allí donde radica la función del Colegio.